Stygmaty są spontanicznie pojawiającymi się ranami na ciele, podobnymi do ran Jezusa w czasie Jego męki (np. korona cierniowa, przebity bok, rany rąk i nóg).
Charakterystyką cechą stygmatów jest ich ciągłość. Nie goją się, nie powodują jednak infekcji ani rozkładu tkanki, często wydzielają przyjemny zapach. Stygmatycy odczuwają autentyczny fizyczny, psychiczny i duchowy ból, adekwatny do stopnia zranienia, dopełniając w ten sposób braków udręk Chrystusa dla dobra Jego Ciała, którym jest Kościół (Kol 1, 24). Ponieważ należą do zjawisk paramistycznych, a dotyczą również sfery somatycznej, wywołują wiele pytań i wątpliwości, zwłaszcza, że mogą być powodowane przez szatana lub przez hipnozę albo silną autosugestię.
Prawdopodobnie pierwszym stygmatykiem był św. Paweł. Wspomina o tym w liście do Galatów: ja na ciele swoim noszę blizny, ślady przynależności do Chrystusa (Ga 6, 17). Egzegeci uważają, że chodzi mu o blizny związane z cierpieniem wynikającym z prześladowań, które posiadają charakter piętna wypalanego w starożytności u niewolników, żołnierzy czy czcicieli bóstw albo rodzaj współczesnego tatuażu. Niemniej, nie można wykluczyć stygmatów.
Pierwszym udokumentowanym przypadkiem stygmatyzacji jest św. Franciszek z Asyżu, który otrzymał fizyczne rany w tradycyjnych miejscach ran Jezusa. Innymi bardziej znanymi stygmatykami byli: św. Teresa ze Sieny, św. Jan od Krzyża, św. Teresa z Avila, św. Rita, św. Małgorzata Maria Alacoque, Teresa Neumann, św. ojciec Pio i św. Faustyna Kowalska. A. Imbert-Gourbyre doliczył się pod koniec XIX wieku 321 autentycznych przypadków stygmatyzacji.
Stygmaty często bywają niezrozumiałe. O. Pio budził wiele wątpliwości nie tylko wśród lekarzy, miejscowego biskupa, ale nawet u współbraci i przełożonych zakonnych. Z powodu nieufności odbierano mu czasowo prawo do korespondowania z wiernymi poza klasztorem, a nawet do celebrowania publicznie Eucharystii. Oskarżano go, że w sposób sztuczny podtrzymuje rany. Żadne zarzuty nie zostały jednak potwierdzone w czasie drobiazgowych badań w procesie beatyfikacyjnym, a później kanonizacyjnym. Również współczesne oskarżenia S. Luzzatto, zawarte w książce: „Ojciec Pio, cuda i polityka XX wieku”, sugerujące, że dłonie, stopy i bok świętego nie goiły się latami, gdyż rozjątrzał rany kwasem fenolowym, należy uznać za ignorancję w sprawach mistycznych i szukanie sensacji.
