Mszy świętej żałobnej w Bazylice Najświętszego Serca Pana Jezusa przy ul. Kopernika 26 w Krakowie przewodniczył ks. bp Jan Zając. Odczytany został list ordynariusza, arcybiskupa Marka Jędraszewskiego. Na Mszy św. oprócz wielu współbraci jezuitów, była obecna także m.in. siostra o. Józefa wraz z siostrzenicami oraz wiele sióstr zakonnych, którym zmarły posługiwał.
Kondukt pogrzebowy od bramy głównej Cmentarza Rakowickiego wyruszył o godz. 12:00. Uroczystościom na Cmentarzu Rakowickim przewodniczył o. Prowincjał Jakub Kołacz.